[Lumos]

скрытая нить Дуальности.... И каждая пара дуальна - она противоречива, но при этом находится в динамическом равновесии закона единства и борьбы противоположностей.

Дуальность. В точку. Даже открытая, очевидная, а не совсем уж скрытая) По очень многим атрибутам, не только по тем, что вы назвали.

ну а что на счет Твин Пикс и Боба?) совпадение, нет?

Видимо, совпадение, если не моё бессознательное постаралось)
Вообще тема очень несерьёзная, но мне не сложно расписать мысли по этому поводу.
Забавный всё-таки момент с этим совпадением. Мне сначала показалось, что вы не только про Боба, но и про некую Алису из "Твин Пикса" вспомнили, а сериал уже слабо помню, пришлось список персонажей искать. В итоге нашлись версии, где Алиса упоминается в качестве кэрролловской "Алисы" в контексте с "Твин Пикс", т.е. сериал - такой же алогичный и безумный, как "Алиса в Стране Чудес", даже прослеживаются некие параллели с ней.
Ну а метафизический образ Боба, по описанию в интернете, конечно, во многом совпадает с образом моего Боба. Настолько много точек соприкосновения, что неудивительно, что вы заметили эту связь; наверное, у вас очень свежи воспоминания о Бобе и вы глубоко копали в непростую подноготную этого противоречивого творения безусловного великого Д. Линча. Это интересно, но всё же именно на него осознанно отсылок не делалось. "Боб из "Твин Пикс" - Зло, не имеющее собственного материального тела в нашем мире. Компенсирует этот недостаток тем, что может вселяться в тела людей, животных, в частности сов[1]. Именно этим объясняется одна из сквозных фраз фильма: «Совы — не то, чем они кажутся». В фильме Боб вселялся в Лиланда Палмера, Джози Паккард[1]. Также пытался завладеть душой Лоры Палмер, но из предсмертных слов Лиланда можно заключить, что попытка была неудачной." Википедия.
Тут дело в другом. "Алиса и Боб" - в качестве понравившегося вам слова "экземплификанты" - устоявшееся выражение с начала компьютерной эры и эры современной криптографии в среде программистов и всяких смежных профессий. Именно их обычно используют в примерах с 70-80- ых: "These names were used by Ron Rivest in the 1978 Communications of the ACM article presenting the RSA cryptosystem,[3] and in A Method for Obtaining Digital Signatures and Public-Key Cryptosystems published April 4, 1977, revised September 1, 1977, as technical Memo LCS/TM82". Ева, кстати, обычно выступает третьей: "Alice and Bob are archetypes in cryptography; Eve is also common."

Скрытый текст - Ещё есть ряд шуточек-мемов про квантовый мир с участием этих персонажей::

Когда нужно было выбрать названия для микробов, мне приглянулась именно эта парочка. Во-первых, у меня есть (и планировались в больших количествах) элементы криптографии, программирования, квантовой физики, кибертехнологий в конце-концов. Во-вторых, можно задуматься: как в первое время двух первых найдёнышей кратко называли бы люди по-рабочему, невсерьёз, между собой? Вполне возможно, именно Алисой и Бобом, поскольку, такие имена учёные часто используют как раз для того, чтобы разобраться в отношениях каких-нибудь двух объектов друг с другом (по сюжету как раз разбирались, что это за вид отношений, симбиоза). В-третьих, "Алису и Боба" можно назвать современным архетипом, это из области психологии по Юнгу, а стоило над этим поразмыслить, уже нельзя было не остановиться на этом волшебном варианте. В-четвёртых, по сюжету прожорливая Алиса оказывается не главной опасностью, уступает сцену куда более хардкорному Бобу; начальный кавардак с аллюзиями на околонаучное безумие кэрролловской Алисы оборачивается вполне логичными понятными мотивами примитивного по своей природе существа, проживающего на дне океана.

Скрытый текст - Возможный спойлер. Только не надо принимать всерьёз):

что на счет телематерии?

Телепортация материи, "(греч. τήλε — далеко)". В данном случае, конечно, не совсем уж фэнтезийный телепорт, а в качестве обыкновенных сигналов. Боб после взлома ДНК и проникновения в полушария человека и машины произвёл нового себя в виде нематериальной информации, сигнала, способного перемещаться вместе с другими сигналами со световой скоростью (например, на Землю). Термин не мой, небольшая отсылка, а сама идея уже не нова, хотя всё ещё относительно свежа даже в литературе, даже в космической НФ. Есть также научные статьи на тему, где прикидываются возможности и ограничения для клеток (клеток, Карл!), способных перемещаться по лучу. На английском. Если сильно надо, поищу ссылки.

многие его не дочитают из-за перегруженности терминов

Всё сложное и особенно важное - вроде как сразу же пояснялось (фагоцитоз, апоптоз и т.д.). В гугл и энциклопедии можно уже лезть лишь за подробностями. Впрочем, возможную проблему понимаю, но, как говорилось вначале: "...с надеждой, что моя история всё-таки найдёт своего читателя. Шансы-то неплохие. Вот только объём ограничен..."

вы уже не будете связаны рамками объема текста, увеличьте его и усильте ряд моментов

О да, именно так и собираюсь поступить.

обыграйте где-нибудь название, оно хорошее, но я не увидел где оно "играло"

С названием сложно вышло. Скажу так - его смысл может быть не очевиден, ни до прочтения, ни после. Но оно подходит. Железно. Можно, конечно, расписать по пунктам заложенные в него идеи, нашедшие отражение в тексте, даже в одном единственном явлении, полускрытой идее, но не вижу в этом сильной надобности (говорит человек, написавший только что талмуд про гипотетических Алису и Боба). Впрочем, расширенная версия подкрепит название дополнительными аргументами. А пока - кто что увидит.

Ещё раз спасибо за отзыв, полезные советы и дискуссию!